الرئيس رساله المختصر الاوسط در منطق را در جرجان بر وى املا مىكرد ، هنگامى كه ابن سينا به رى و سپس به همدان رفت و در آنجا به وزارت آل بويه رسيد ، ابو عبيد از وزارت استاد كه چندان مجال تدريس و تصنيف به او نمىداد اظهار دلتنگى كرد و به همين سبب كوشيد تا استاد را به تصنيف و تدريس وادارد . چون ابن سينا از همدان قصد اصفهان و پيوستن به علاء الدوله كرد ، ابو عبيد و ديگر ياران استاد نيز با او همراه شدند و به اصفهان رفتند ، در اصفهان چون ابن سينا به فرمان علاء الدوله خواست به رصد كواكب و تنظيم زيج جديدى بپردازد ، ابو عبيد را مأمور تهيه ابزار و آلات و استخدام صنعتگران كرد . در همدان ابو عبيد از ابن سينا خواست كه به تصنيف بپردازد و او تصنيف « طبيعيات » شفا را آغاز كرد ، در اين ميان نابسامانىهاى سياسى ، شورش سپاهيان عليه ابن سينا ، و عزل و اختفا و سپس نصب مجدد او به وزارت پيش آمد ، تا سرانجام پس از طبيعيات و الهيات ( كه در اختفاء تصنيف شد ) بخش منطق نيز تصنيف شد . ابو عبيد خود مقدمه‌اى بر شفا نوشت و از عبارت « ادام اللّه ايّامه » كه در حق استاد گفته معلوم مىشود كه ابن سينا در آن هنگام كه شاگردش شفا را تدوين مىكرده و بر آن مقدمه مىنوشته زنده بوده است . ابو عبيد پس از مرگ استاد نيز با استفاده از مبحث رياضيات شفا و آثار ديگر ابن سينا در رياضيات ، بخش رياضى كتاب « النجاة » را تهيه كرد و بدان افزود . بخش موسيقى و رياضى دانشنامه علايى كه شيخ الرئيس ، و نيز ترجمه و تلخيص بخش رياضيات آثار ديگر بو على ، به خامه ابو عبيد است . اين كتاب را ابو عبيد پس از مرگ ابو على تدوين و نام « دانشنامه » بر آن نهاد .